《中国儒学史·近代卷》分九章，沿儒西之争之主线而观，以儒学与西学之争或儒西之争为中国近代儒学史之主线，认为中国近代儒学史之源始在明末，而非鸦片战争之后。中国近代儒学史所要求之基本释读框架，在明末几乎已全部具备。并由此展开，从认识和解决中国社会现实具体问题的角度展开了近代中国儒学历史的发展历程。
导言 “中国近代儒学”源始论
第一节 明末“西洋哲学”之输入
第二节 明确以“西学”指称欧洲学问
第三节 “有主”与“无主”之争
第四节 明末“儒西之争”之主要内容与格式
第五节 对于“西学”之全面反击
第六节 “以中化西”之尝试
第七节 明末实为“中国近代儒学”之源始
第一章 龚自珍的儒学
第一节 “中西关系”已进入其视野
第二节 “西学”未进入其视野
第三节 儒、西关系未成为其中心议题
第四节 近代儒学之“清道夫”
第五节 龚自珍思想之评价
第二章 魏源的儒学
第一节 进入其视野之“西学”
第二节 对于儒学之态度
第三节 儒学方面之成就
第四节 儒、西关系之处理格式
第五节 中华文明固有观念之存留
第六节 魏源思想之评价
第三章 冯桂芬的儒学
第一节 所采“西学”已涉及“制度”层面
第二节 所采“西学”已涉及“学理”层面
第三节 固守“中华文化之自信”
第四节 所守“儒学”止于“制度”层面
第五节 儒、西关系之处理格式：“中体西用”说辨正
第六节 与曾国藩之关系
第七节 冯桂芬思想之评价
第四章 曾国藩的儒学
第一节 “道统”之存留
第二节 “道统”之内涵与性质
第三节 作为体系之“儒学”
第四节 “西学”采纳之限度
第五节 “师夷智”问题
第六节 格致书院之问题
第七节 儒、西关系之处理格式
第八节 曾国藩思想之评价
第五章 郭嵩焘的儒学
第一节 并未主张“观念西化”
第二节 “二流文明说”或“半文明说”辨正
第三节 固守“儒学”与“中学”
第四节 儒、西关系之处理格式
第五节 对王船山及其思想之推崇
第六节 “控御夷狄之道绝于天下”论
第七节 中华复兴“三百年说”
第八节 “中式”人生观
第九节 郭嵩焘思想之评价
第六章 王韬的儒学
第一节 “世界主义”视野
第二节 “儒学”与“中学”之“不变”地位
第三节 “道统”之维系
第四节 儒、西关系之处理格式
第五节 “西化”之限度
第六节 “民族文化自信”之坚守
第七节 “本末”观念
第八节 “中式”人生观
第七章 康有为的儒学
第一节 第一期：“援西入儒（中）”
第二节 第二期：“以西化儒（中）”
第三节 经学中之“以西化儒”
第四节 《大同书》：从“以西化儒”转向“儒（中）西并尊
第五节 第三期：“儒（中）西并尊
第六节 第四期：“以儒（中）化西
第七节 贯穿各期之一条主线：“尊儒（中）”
第八节 康有为思想之评价
第八章 章太炎的儒学
第一节 引进西洋自然科学与“以西释中
第二节 引进西洋社会科学与“以西释中
第三节 对于“西学”之批评
第四节 对于“儒学”之批评
第五节 试图“以儒兼百家”
第六节 “援佛入儒”与“援西入儒”
第七节 对于“中学”之自信
第八节 儒、西关系之处理格式
第九节 章太炎思想之评价
第九章 梁启超的儒学
第一节 第一步：“以西化儒”与“以西化中
第二节 第二步：“儒西并尊”与“中西并尊
第三节 第三步：“以儒化西”与“以中化西
第四节 对于“本国文化”之尊敬
第五节 梁启超思想之评价
结语 儒（中）学之“观念西化”及其可能前景
第一节 “内在关系论”可能在未来得到弘扬
第二节 “大心论”可能在来来得到弘扬
第三节 “功能主义”可能在未来得到弘扬
第四节 “大利主义”可能在未来得到弘扬
第五节 “大知主义”可能在未来得到弘扬
第六节 “大义主义”可能在未来得到弘扬
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